一直以来，人们都把土壤恶化完全归罪于化肥的过量施用，进而认为多施有机肥既能提高作物产量和品质，又能养地肥地。因此，近些年来，许多菜农纷纷不惜血本大量增施有机肥，有些菜农 1亩棚地施鸡粪竟达40立方米。殊不知，过量施用有机肥也会影响土壤的理化性状，严重时会使土壤盐分累积，影响作物生长。而且过量施用有机肥也会导致硝酸盐在蔬菜体内累积，不符合蔬菜标准化生产的要求。
在施用有机肥时应注意以下几点：
注意选择优质的有机肥。优质的有机肥是蔬菜优质的基础，而现在菜农施用的有机肥，大都是买来的商品有机肥，质量普遍较差，有些甚至掺杂了城市污泥、生活垃圾等，根本就达不到有机质含量的标准。即使是一些买来的鸡粪，也有不少掺杂了泥土，或被一些不法商贩掺入了火碱 (用于增加体积)，这些劣质有机肥施入土壤后，效果可想而知。因此，生产中一定要选用优质的有机肥，选用商品有机肥时醉好选用正规大厂生产的。
严格控制施肥量。一般情况下，每亩菜地以施入纯鸡粪15～20立方米、稻壳粪35～40 立方米为宜。茄果类蔬菜需肥量较大，可取其上限；叶菜类需肥量稍小一些，可取其下限。
配合生物肥施用效果好。有机肥无论基施和冲施，醉好配合生物肥施用。因为有机肥在与生物肥配合施用后，生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机质的分解，使其更有利于作物吸收，同时能将有机肥中的一些有害物质分解转化，避免其对蔬菜造成伤害。
1、可以提高如过磷酸钙、微量元素等肥料，施入土壤后被土壤固定而失效。和有机肥混合用，由于减少了与土壤的接触面，减少了养分的固定，有机肥又可提高磷矿石的溶解度，在水田条件下更好。许多化肥与有机肥混合后，化肥可以被有机肥料吸收保蓄，减少流失。此外，化肥掺有机肥料还可以促进有机肥腐熟，提高。试验表明，化肥与有机肥搭配使用，既可以降低土壤氧化还原电位，减少氨的硝化，也可以减少氮素的挥发损失。一般可使氮肥利用率提高10%～15%。 　
2、可以减少化肥可能产生的某些不利的副作用在单独施用较大量化肥或化肥施用不均时，土壤溶液浓度高，影响作物吸水，甚至伤根，如与有机肥料混合就不会发生这一问题。另外，如长期单独施用生理酸性肥料，会使土壤变酸，而产生过多的铁、铝等有害物质，对作物造成毒害。而同有机肥料混合施用，可以增加土壤的缓冲性能，防止土壤酸化。再如，有的过磷酸钙含游离酸过多，做种肥时会影响种子发芽和幼苗生长，加入有机肥料后，中和游离酸，可减少对种子的为害。
3、可以增加作物营养有机肥所含养分较全，肥效稳而长，含有机质多，能提高土壤有机质含量，改善土壤理化性质。不但可以供给作物，而且可以供给土壤微生物以氮、磷、钾等养分，以及维生素和生长激素等。有机肥施入后，土壤酶增强，有利于养分转化。如有机肥与过磷酸钙或过磷酸镁肥等混合，可以促进土壤中自生固氮菌的生长，增加作物氮素营养。据试验，化肥与有机肥搭配使用3年的地块比单施化肥的地块有机质含量高0.08%～0.11%，氨化细菌增加260%，好气性固氮菌增加 119%，纤维分解菌增加600%。 　
4、在秸秆还田和施用未腐熟有机肥时，加入化学氮肥，可以避免作物因早期缺氮而影响生长而供应的速度要缓慢，而且禾谷类作物成熟阶段需要同时提供硝态氮和铵态氮，有机肥料能够做到这一点。