生物菌肥与其他肥料配合施用效果好。由于生物菌肥是一种高含菌量的生物制剂，施于土壤后需要 15~20 d 才能发挥肥效，多数生物菌需在氮元素的作用下才能复苏，因此在施生物菌肥时要适量地配合少量氮肥，一般施复合生物菌肥 225~300 kg/hm2，且根据不同情况 ，配合施用尿素 45~75kg/hm2、磷酸二铵 75 kg/hm2。如与有机肥料配合施用（一般配合施用优质有机肥 30 t/hm2），可以加快改善土壤的理化性状，提高土壤有机质的含量和生物菌的。
应保持土壤适宜的温湿度条件。生物菌肥在土壤持水量30%以上、土壤温度 10~40 ℃、pH 值 5.5~8.5 的土壤条件下均可施用。在土壤持水量小于 30%时要及时浇水，并及时中耕松土以保持土壤墒情、提高土壤温度。此外，生物菌肥可以配制各种作物的营养土。一般取田园土（没有被农药污染过的田园土）60 kg，充分发酵腐熟的人、畜、禽粪便 30 kg，加复合生物菌肥 10 kg，充分搅拌均匀即可。该营养土可供农作物、蔬菜、瓜果、果树等育苗、养苗等使用。
生物菌肥是一种菌，施用时必须埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施 7~10 cm。由于生物菌对作物的根系母代替亦可。四是乳酸菌。土著菌制作的过程中，造成肥料腐败的原因是乳酸菌不能增殖，由于乳酸菌能产生酸性很强的乳酸，从而具有防腐的功能。从自然界培养纯粹的乳酸菌的方法是，先把大豆磨成豆浆，豆浆煮沸腾后趁热倒入经过灭菌的广口瓶中密闭，放入冰箱中冷藏，经过一段时间后瓶中的固体就会沉淀下来，上面澄清的液体就是纯粹的乳酸菌。长期保存乳酸菌，可加入等量的砂糖后置于冰箱中即可。乳酸菌扩繁可用纯鲜牛奶，乳酸菌和牛奶的比例为 1∶10。